1 – حاول المصنف في إيراده للأحاديث أن تشتمل متونها على زيادات لم يوردها من صنَّف في الصحيح قبله مع اشتراكهم في رواية تلك الأحاديث . 2 – يُعد المنتقى مستخرجاً على صحيح ابن خزيمة ، وبالتالي يكاد يتفق منهجه مع منهج ابن خزيمة في الصحيح ؛ واختار ذلك بعض أهل العلم كـ : ابن حجر ، ومحمد بن سليمان المغربي ، والدهلوي ، والكتاني وغيرهم . ومن خلال دراستي لأسانيد الكتاب ظهر لي أنها دائرة بين الصحة والحسن بقسميه ، وتبلغ حسب الترقيم الذي اتبعه عبد لله المدني( 1114 ) حديثاً وفق التفصيل التالي : 1 – الأحاديث الصحيحة ( 934 ) حديثاً . 2 – الأحاديث الحسنة لذاتها ( 84 ) حديثاً . 3 – الأحاديث الحسنة لغيرها ( 96 ) حديثاً .
منهج المؤلف في ترتيب المادة العلمية : قام بترتيب الكتاب وفق لآتي : 1 – ترتيب الكتاب على أبواب الفقه . 2 – ساق جميع الأحايث بسنده إلى . 3 – إذا كان للحديث شواهد أو متابعات أتى بها . 4 – اهتمامه بذكر علل الحديث إذا كان المقام يقتضي ذلك ، فيشير إلى اختلاف النقلة ، أو تفرد بعضهم ، ونحو ذلك . 5 – بعد ذكر الحديث ، قد يذكر أقوال أئمة الجرح والتعديل في بعض الرواة . 6 – عناية ببين ألفاظ الرواة عند اختلافهم . 7 – توضيحه اسم الراوي إن ظن اشتباهه بغيره . 8 – اهتمامه ببيان المدرج في الحدي حتى لا يلتبس على القارئ . 9 – لم يُعْنَ في كتابه بذكر أقوال الصحابة فمن بعدهم ؛ بل اكتفى بالأحاديث المرفوعة .